对于自贸区内注册经营的境内外企业和工作的个人，相关优惠措施主要包括，注册在试验区内的法人或个人股东，通过非货币性资产对外投资以及其他类似资产重组行为，从而实现资产增值，相关增值带来的收益所得可在不超过5年期限内，分期自行缴纳企业所得税或者资本利得税。自贸区规划方案出台了多项税收优惠，生产加工所需的进口设备物资等免征进口关税以及进口环节增值税，对于从其他启运港进行货物出口的企业，在自贸区中转的出口货物享受启运港退税优惠试点。说到自贸区公司注册，就不得不说公司注册在自贸区的优势，。很多在非自贸区限制的行业，在这里能投资注册，对很多行业及相关产业是利好。
对于自贸区内注册经营的境内外企业和工作的个人， 规划方案也提出了税收优惠措施。相关优惠措施主要包括：注册在试验区内的法人或个人股东，通过非货币性资产对外投资以及其他类似资产重组行为，从而实现资产增值，相关增值带来的收益所得可在不超过5年期限内，分期自行缴纳企业所得税或者资本利得税。
对于开展融资租赁和生产加工制造的企业， 自贸区规划方案出台了多项税收优惠， 其中最主要的措施有如下几条：
第一、融资租赁企业在自贸区内设立的为境外客户提供融资租赁服务的项目子公司， 可以享受出口退税试点的优惠;
第二、自贸区内注册的经营飞机融资租赁的企业或者项目子公司， 对于从境外购买的进口民航运输飞机，可以享受进口环节的增值税减免优惠;
第三、对于在自贸区内进行生产加工活动的企业， 生产加工所需的进口设备物资等免征进口关税以及进口环节增值税，对于从其他启运港进行货物出口的企业，在自贸区中转的出口货物享受启运港退税优惠试点。
说到自贸区公司注册，就不得不说公司注册在自贸区的优势：
1、投资行业限制放宽
(1)负面清单出台，允许投资清单以外的行业;
(2)非禁即入，凡是法律法规没有禁止的，都列为开放。
很多在非自贸区限制的行业，在这里能投资注册，对很多行业及相关产业是利好。
2、金融领域的改革创新：
(1)金融市场利率市场化、汇率市场化、金融市场产品创新;
(2)人民币资本项目可兑换进行先行先试;
(3)推动金融服务对民营资本和外资的全面开放;
(4)允许部分中资银行从事离岸业务。
3、税收优惠：
(1)符合鼓励类，所得税减按15%征收;
(2)出口退税政策完善。
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